Mm10 conservation lastz parameters
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See Also
- Mouse 60-way Mm10 Genome size statistics
- Mouse 60-way Mm10 conservation alignment
- all other UCSC Multiple Alignments
| The default scoring matrix is: | The HoxD55 scoring matrix is: | The human-chimp.v2 scoring matrix is: | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
O=400 E=30 |
O=400 E=30 |
O=600 E=150 |
do not edit, automatically generated table
| query | abridged repeats(no) |
M(0) | K(3000) | L(3000) | Q | Y(9400) | program run | E(30) | H(0) | O(400) | T(1) | chain table date |
% of mm10 matched (chainLink table) |
% of query matched (chainLinkMm10) |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Rat rn4 | no | 0 | 4500 | 2200 | human_chimp.v2.q | 15000 | lastz-distrib-1.03.02/bin/lastz | 150 | 2000 | 600 | 2 | 2012-03-08 | 54.645% | 56.348% |
| Squirrel speTri2 | TBD | |||||||||||||
| Mouse lemur micMur1 | no | 0 | 3000 | 2200 | default | 9400 | lastz-distrib-1.03.02/bin/lastz | 30 | 2000 | 400 | 1 | 2012-03-13 | 26.636% | 37.574% |
| Kangaroo rat dipOrd1 | TBD | |||||||||||||
| Squirrel monkey saiBol1 | no | 0 | 3000 | 2200 | default | 9400 | lastz-distrib-1.03.02/bin/lastz | 30 | 2000 | 400 | 1 | 2012-03-09 | 32.339% | 33.848% |
| Naked mole-rat hetGla1 | TBD | |||||||||||||
| Human hg19 | yes | 0 | 3000 | 2200 | default | 9400 | lastz-distrib-1.03.02/bin/lastz | 30 | 2000 | 400 | 1 | 2012-03-08 | 38.226% | 35.249% |
| Gorilla gorGor3 | no | 0 | 3000 | 2200 | default | 9400 | lastz-distrib-1.03.02/bin/lastz | 30 | 2000 | 400 | 1 | 2012-03-08 | 33.987% | 34.349% |
| Chimp panTro4 | no | 0 | 3000 | 2200 | default | 9400 | lastz-distrib-1.03.02/bin/lastz | 30 | 2000 | 400 | 1 | 2012-03-10 | 34.674% | 31.924% |
| Gibbon nomLeu1 | no | 0 | 3000 | 2200 | default | 9400 | lastz-distrib-1.03.02/bin/lastz | 30 | 2000 | 400 | 1 | 2012-03-08 | 34.132% | 32.372% |
| Orangutan ponAbe2 | no | 0 | 3000 | 2200 | default | 9400 | lastz-distrib-1.03.02/bin/lastz | 30 | 2000 | 400 | 1 | 2012-03-09 | 34.496% | 30.610% |
| Tarsier tarSyr1 | no | 0 | 3000 | 2200 | default | 9400 | lastz-distrib-1.03.02/bin/lastz | 30 | 2000 | 400 | 1 | 2012-03-12 | 24.560% | 24.986% |
| Chinese rhesus rheMac3 | no | 0 | 3000 | 2200 | default | 9400 | lastz-distrib-1.03.02/bin/lastz | 30 | 2000 | 400 | 1 | 2012-03-09 | 33.931% | 33.464% |
| Baboon papHam1 | no | 0 | 3000 | 2200 | default | 9400 | lastz-distrib-1.03.02/bin/lastz | 30 | 2000 | 400 | 1 | 2012-03-10 | 33.577% | 32.023% |
| Bushbaby otoGar3 | no | 0 | 3000 | 2200 | default | 9400 | lastz-distrib-1.03.02/bin/lastz | 30 | 2000 | 400 | 1 | 2012-03-13 | 29.795% | 32.926% |
| Marmoset calJac3 | no | 0 | 3000 | 2200 | default | 9400 | lastz-distrib-1.03.02/bin/lastz | 30 | 2000 | 400 | 1 | 2012-03-09 | 32.450% | 31.301% |
| Horse equCab2 | TBD | |||||||||||||
| Guinea pig cavPor3 | TBD | |||||||||||||
| Alpaca vicPac1 | TBD | |||||||||||||
| Dolphin turTru1 | TBD | |||||||||||||
| Tree shrew tupBel1 | TBD | |||||||||||||
| Pig susScr2 | TBD | |||||||||||||
| Rabbit oryCun2 | TBD | |||||||||||||
| Sloth choHof1 | TBD | |||||||||||||
| Megabat pteVam1 | TBD | |||||||||||||
| Elephant loxAfr3 | TBD | |||||||||||||
| Cat felCat4 | TBD | |||||||||||||
| Panda ailMel1 | TBD | |||||||||||||
| Dog canFam3 | TBD | |||||||||||||
| Armadillo dasNov2 | TBD | |||||||||||||
| Microbat myoLuc2 | TBD | |||||||||||||
| Cow bosTau7 | TBD | |||||||||||||
| Sheep oviAri1 | TBD | |||||||||||||
| Rock hyrax proCap1 | TBD | |||||||||||||
| Pika ochPri2 | TBD | |||||||||||||
| Hedgehog eriEur1 | TBD | |||||||||||||
| Tenrec echTel1 | TBD | |||||||||||||
| Shrew sorAra1 | TBD | |||||||||||||
| Wallaby macEug2 | TBD | |||||||||||||
| Opossum monDom5 | TBD | |||||||||||||
| Tasmanian devil sarHar1 | TBD | |||||||||||||
| N/A ailMis1 | TBD | |||||||||||||
| N/A croPor1 | TBD | |||||||||||||
| Platypus ornAna1 | TBD | |||||||||||||
| Chicken galGal4 | TBD | |||||||||||||
| Zebra finch taeGut1 | TBD | |||||||||||||
| Turkey melGal1 | TBD | |||||||||||||
| N/A chrPic1 | TBD | |||||||||||||
| Lizard anoCar2 | TBD | |||||||||||||
| X. tropicalis xenTro3 | TBD | |||||||||||||
| Coelacanth latCha1 | TBD | |||||||||||||
| Atlantic cod gadMor1 | TBD | |||||||||||||
| Nile tilapia oreNil1 | TBD | |||||||||||||
| Stickleback gasAcu1 | TBD | |||||||||||||
| Fugu fr3 | TBD | |||||||||||||
| Tetraodon tetNig2 | TBD | |||||||||||||
| Zebrafish danRer7 | TBD | |||||||||||||
| Medaka oryLat2 | TBD | |||||||||||||
| Lamprey petMar1 | TBD | |||||||||||||
