112 fly pair wise alignments

112 fly pair-wise alignments to D. melanogaster/dm6

order count	accession assembly name	common name	scientific name	clade	taxId	coverage	reciprocal best coverage	syntenic coverage
1	GCF_000001215.4 Release_6_plus_ISO1_MT	fruit fly	Drosophila melanogaster	Drosophila	7227	98.737 %	98.643 %	97.667 %
2	GCF_000005215.3 dsec_caf1	flies	Drosophila sechellia	Drosophila	7238	82.016 %	76.817 %	74.497 %
3	GCF_000754195.2 ASM75419v2	flies	Drosophila simulans	Drosophila	7240	81.926 %	76.897 %	75.562 %
4	GCF_000005975.2 dyak_caf1	flies	Drosophila yakuba	Drosophila	7245	79.951 %	75.423 %	72.041 %
5	GCF_000005135.1 dere_caf1	flies	Drosophila erecta	Drosophila	7220	79.216 %	74.711 %	73.011 %
6	GCF_000224235.1 Dtak_2.0	flies	Drosophila takahashii	Drosophila	29030	74.939 %	71.163 %	68.355 %
7	GCF_000224195.1 Dele_2.0	flies	Drosophila elegans	Drosophila	30023	74.867 %	71.190 %	67.623 %
8	GCF_000236325.1 Deug_2.0	flies	Drosophila eugracilis	Drosophila	29029	74.686 %	71.266 %	69.625 %
9	GCF_000233415.1 Dbia_2.0	flies	Drosophila biarmipes	Drosophila	125945	74.478 %	70.862 %	65.245 %
10	GCF_000236305.1 Drho_2.0	flies	Drosophila rhopaloa	Drosophila	1041015	74.383 %	70.404 %	62.588 %
11	GCF_000220665.1 Dfic_2.0	flies	Drosophila ficusphila	Drosophila	30025	74.168 %	70.423 %	68.704 %
12	GCF_000472105.1 Dsuzukii.v01	flies	Drosophila suzukii	Drosophila	28584	74.036 %	70.127 %	62.212 %
13	GCF_002093755.1 Dser1.0	flies	Drosophila serrata	Drosophila	7274	70.419 %	67.226 %	61.397 %
14	GCF_000224215.1 Dkik_2.0	flies	Drosophila kikkawai	Drosophila	30033	70.073 %	66.396 %	62.887 %
15	GCF_000005115.1 dana_caf1	flies	Drosophila ananassae	Drosophila	7217	65.806 %	62.422 %	57.253 %
16	GCF_000236285.1 Dbip_2.0	flies	Drosophila bipectinata	Drosophila	42026	65.394 %	62.053 %	57.596 %
17	GCF_002217835.1 Dobs_1.0	flies	Drosophila obscura	Drosophila	7282	61.561 %	58.325 %	54.856 %
18	GCF_000001765.3 Dpse_3.0	flies	Drosophila pseudoobscura pseudoobscura	Drosophila	46245	59.426 %	56.346 %	50.672 %
19	GCF_000269505.1 DroMir_2.2	flies	Drosophila miranda	Drosophila	7229	58.891 %	56.001 %	51.810 %
20	GCF_000005195.2 dper_caf1	flies	Drosophila persimilis	Drosophila	7234	57.869 %	54.929 %	50.052 %
21	GCA_002749795.1 Dsub_1.0	flies	Drosophila subobscura	Drosophila	7241	55.249 %	53.549 %	50.225 %
22	GCF_000005925.1 dwil_caf1	flies	Drosophila willistoni	Drosophila	7260	51.228 %	48.305 %	39.093 %
23	GCF_000005245.1 dvir_caf1	flies	Drosophila virilis	Drosophila	7244	48.970 %	45.648 %	39.374 %
24	GCF_000005155.2 dgri_caf1	flies	Drosophila grimshawi	Drosophila	7222	47.666 %	45.098 %	38.022 %
25	GCF_000005175.2 dmoj_caf1	flies	Drosophila mojavensis	Drosophila	7230	47.168 %	43.637 %	37.633 %
26	GCF_002780465.1 ASM278046v1	flies	Drosophila hydei	Drosophila	7224	45.605 %	43.146 %	39.090 %
27	GCA_001245395.1 D._americana_H5_strain_genome_assembly	flies	Drosophila americana	Drosophila	40366	45.382 %	42.585 %	23.381 %
28	GCA_000298335.1 DroAlb_1.0	flies	Drosophila albomicans	Drosophila	7291	44.346 %	41.158 %	25.201 %
29	GCF_001277935.1 ASM127793v1	flies	Drosophila busckii	Drosophila	30019	42.220 %	39.281 %	31.758 %
30	GCF_001654025.1 ASM165402v1	flies	Drosophila arizonae	Drosophila	7263	41.792 %	39.022 %	32.657 %
31	GCA_002222885.1 ASM222288v1	flies	Drosophila nasuta	Drosophila	42062	39.549 %	36.390 %	7.560 %
32	GCA_001752445.1 ZP_IN_1.0	flies	Zaprionus indianus	flies	76712	36.928 %	33.048 %	6.376 %
33	GCF_001654015.1 ASM165401v1	flies	Drosophila navojoa	Drosophila	7232	36.286 %	33.214 %	26.266 %
34	GCA_001014445.1 ASM101444v1	flies	Scaptodrosophila lebanonensis	flies	7225	36.017 %	33.165 %	10.587 %
35	GCA_001014415.1 ASM101441v1	flies	Phortica variegata	flies	462259	24.774 %	22.301 %	5.843 %
36	GCA_002237135.1 Tel_dalmanni_2A_v1.0	flies	Teleopsis dalmanni	flies	139649	23.293 %	20.362 %	5.645 %
37	GCF_001687245.1 Rhagoletis_zephyria_1.0	snowberry fruit fly	Rhagoletis zephyria	other	28612	21.196 %	17.813 %	2.689 %
38	GCF_000699065.1 Lcup_2.0	Australian sheep blowfly	Lucilia cuprina	other	7375	20.785 %	17.867 %	5.586 %
39	GCF_001853355.1 ASM185335v1	flies	Bactrocera latifrons	flies	174628	20.469 %	17.499 %	7.177 %
40	GCF_001188975.1 gapfilled_joined_lt9474.gt500.covgt10	olive fruit fly	Bactrocera oleae	other	104688	20.400 %	17.503 %	6.304 %
41	GCF_000806345.1 ASM80634v1	melon fly	Bactrocera cucurbitae	other	28588	20.252 %	17.366 %	8.183 %
42	GCA_001735585.1 ASM173558v1	black blowfly	Phormia regina	other	7380	20.158 %	17.311 %	1.107 %
43	GCF_000347755.3 Ccap_2.1	Mediterranean fruit fly	Ceratitis capitata	other	7213	19.997 %	17.255 %	7.370 %
44	GCA_000695345.1 Assembly_2.2_of_Bactrocera_tryoni_genome	Queensland fruit fly	Bactrocera tryoni	other	59916	19.523 %	16.269 %	3.969 %
45	GCF_000789215.1 ASM78921v2	oriental fruit fly	Bactrocera dorsalis	other	27457	19.222 %	16.309 %	6.919 %
46	GCF_001015335.1 Stomoxys_calcitrans-1.0.1	stable fly	Stomoxys calcitrans	other	35570	18.152 %	15.680 %	3.734 %
47	GCA_000688715.1 Glossina_pallidipes-1.0.3	tsetse fly	Glossina pallidipes	other	7398	17.101 %	14.994 %	5.616 %
48	GCA_000671735.1 Glossina_fuscipes-3.0.2	tsetse fly	Glossina fuscipes fuscipes	other	201502	17.078 %	15.035 %	5.045 %
49	GCA_000671755.1 Glossina_brevipalpis_1.0.3	tsetse fly	Glossina brevipalpis	other	37001	17.022 %	14.980 %	5.521 %
50	GCA_001077435.1 ASM107743v1	tsetse fly	Glossina morsitans morsitans	other	37546	16.954 %	14.868 %	2.119 %
51	GCA_000688735.1 Glossina_austeni-1.0.3	tsetse fly	Glossina austeni	other	7395	16.948 %	14.847 %	5.064 %
52	GCA_000818775.1 Glossina_palpalis_gambiensis-2.0.1	tsetse fly	Glossina palpalis gambiensis	other	67801	16.827 %	14.768 %	4.540 %
53	GCA_001014675.1 ASM101467v1	flies	Ephydra gracilis	flies	1577615	16.643 %	14.428 %	0.911 %
54	GCA_001014835.1 ASM101483v1	common green bottle fly	Lucilia sericata	other	13632	15.766 %	13.320 %	0.519 %
55	GCA_001014515.1 ASM101451v1	tsetse fly	Glossina morsitans	other	7394	15.733 %	13.720 %	1.238 %
56	GCA_001017275.1 ASM101727v1	urban bluebottle blowfly	Calliphora vicina	other	7373	15.621 %	12.708 %	0.349 %
57	GCF_001876365.2 canu_80X_arrow2.2	Asian tiger mosquito	Aedes albopictus	other	7160	15.172 %	12.698 %	0.828 %
58	GCA_001015235.1 ASM101523v1	flies	Sphyracephala brevicornis	flies	139677	14.969 %	12.187 %	0.369 %
59	GCA_001932985.1 200kmer_750.trimmed	flies	Proctacanthus coquilletti	flies	1717472	14.594 %	12.338 %	2.120 %
60	GCA_001014575.1 ASM101457v1	flies	Themira minor	flies	292402	14.206 %	11.272 %	0.825 %
61	GCF_002204515.2 AaegL5.0	yellow fever mosquito	Aedes aegypti	other	7159	14.028 %	11.507 %	0.847 %
62	GCF_000209185.1 CulPip1.0	southern house mosquito	Culex quinquefasciatus	other	7176	13.421 %	10.996 %	0.942 %
63	GCA_001542645.1 ASM154264v1	African malaria mosquito	Anopheles gambiae	Anopheles	7165	13.337 %	10.786 %	0.876 %
64	GCF_000005575.2 AgamP3	African malaria mosquito	Anopheles gambiae str. PEST	Anopheles	180454	13.328 %	10.657 %	1.126 %
65	GCA_001015175.1 ASM101517v1	flies	Megaselia abdita	flies	88686	13.126 %	10.704 %	0.252 %
66	GCA_002091835.1 ASM209183v1	mosquitos	Anopheles maculatus	Anopheles	74869	13.114 %	10.911 %	0.821 %
67	GCA_001017515.1 ASM101751v1	flies	Tephritis californica	flies	594049	12.995 %	10.479 %	0.067 %
68	GCA_000473845.2 Anop_meru_MAF_V1	mosquitos	Anopheles merus	Anopheles	30066	12.901 %	10.341 %	1.016 %
69	GCA_000349145.1 Anop_diru_WRAIR2_V1	mosquitos	Anopheles dirus	Anopheles	7168	12.779 %	10.236 %	1.099 %
70	GCA_000349185.1 Anop_arab_DONG5_A_V1	mosquitos	Anopheles arabiensis	Anopheles	7173	12.738 %	10.298 %	1.126 %
71	GCA_000473505.1 Anop_atro_EBRO_V1	mosquitos	Anopheles atroparvus	Anopheles	41427	12.705 %	10.228 %	1.099 %
72	GCA_000349105.1 Anop_epir_epiroticus2_V1	mosquitos	Anopheles epiroticus	Anopheles	199890	12.650 %	10.196 %	0.932 %
73	GCA_000349065.1 Anop_quad_QUAD4_A_V1	mosquitos	Anopheles quadriannulatus	Anopheles	34691	12.514 %	10.160 %	1.057 %
74	GCA_000300775.2 ASM30077v2	Asian malaria mosquito	Anopheles stephensi	Anopheles	30069	12.374 %	10.069 %	1.042 %
75	GCA_000473445.2 Anop_fara_FAR1_V2	mosquitos	Anopheles farauti	Anopheles	69004	12.374 %	10.105 %	1.064 %
76	GCA_000349025.1 Anop_mini_MINIMUS1_V1	mosquitos	Anopheles minimus	Anopheles	112268	12.353 %	10.054 %	1.089 %
77	GCA_000349085.1 Anop_fune_FUMOZ_V1	African malaria mosquito	Anopheles funestus	Anopheles	62324	12.236 %	10.013 %	0.956 %
78	GCA_000473525.2 Anop_mela_CM1001059_A_V2	mosquitos	Anopheles melas	Anopheles	34690	12.182 %	9.866 %	0.468 %
79	GCA_000150765.1 m5	African malaria mosquito	Anopheles gambiae M	Anopheles	377271	12.160 %	9.623 %	0.872 %
80	GCA_001014945.1 ASM101494v1	mothmidge	Clogmia albipunctata	other	85120	12.098 %	9.885 %	0.376 %
81	GCA_000472065.2 Anop_sine_SINENSIS_V1	mosquitos	Anopheles sinensis	Anopheles	74873	12.094 %	9.680 %	0.653 %
82	GCA_000262795.1 Ppap_1.0	flies	Phlebotomus papatasi	flies	29031	12.066 %	9.731 %	0.301 %
83	GCA_000473375.1 Anop_culi_species_A-37_1_V1	mosquitos	Anopheles culicifacies	Anopheles	139723	11.996 %	9.816 %	0.573 %
84	GCA_001014335.1 ASM101433v1	flies	Coboldia fuscipes	flies	170625	11.908 %	10.130 %	0.797 %
85	GCA_900258525.2 Cson_Genome_version_2.0	flies	Culicoides sonorensis	flies	179676	11.882 %	10.108 %	0.497 %
86	GCA_000349125.2 Anop_albi_ALBI9_A_V2	mosquitos	Anopheles albimanus	Anopheles	7167	11.850 %	9.826 %	1.017 %
87	GCA_000349165.1 Anop_chri_ACHKN1017_V1	mosquitos	Anopheles christyi	Anopheles	43041	11.794 %	9.620 %	0.420 %
88	GCA_002091845.1 ASM209184v1	mosquitos	Anopheles cracens	Anopheles	123217	11.692 %	9.661 %	0.646 %
89	GCA_002846955.1 A_aquasalis_v1.0	mosquitos	Anopheles aquasalis	Anopheles	42839	11.625 %	9.589 %	0.628 %
90	GCA_001014895.1 ASM101489v1	flies	Hermetia illucens	flies	343691	11.575 %	9.548 %	0.049 %
91	GCA_000211455.3 A_darlingi_v1	American malaria mosquito	Anopheles darlingi	Anopheles	43151	11.465 %	9.624 %	0.776 %
92	GCA_001017455.1 ASM101745v1	grey fleshfly	Neobellieria bullata	other	7385	11.431 %	8.641 %	0.074 %
93	GCA_001015115.1 ASM101511v1	flies	Eutreta diana	flies	1577624	11.427 %	9.111 %	0.049 %
94	GCA_000956215.1 ASM95621v1	mosquitos	Anopheles farauti No. 4	Anopheles	59191	11.042 %	8.957 %	0.387 %
95	GCA_001015215.1 ASM101521v1	flies	Holcocephala fusca	flies	1577617	10.901 %	9.276 %	0.266 %
96	GCA_000956275.1 ASM95627v1	mosquitos	Anopheles koliensis	Anopheles	30065	10.841 %	8.788 %	0.253 %
97	GCA_000775305.1 ASM77530v1	flies	Belgica antarctica	flies	315563	10.737 %	9.031 %	0.588 %
98	GCA_000956255.1 ASM95625v1	mosquitos	Anopheles punctulatus	Anopheles	30068	10.686 %	8.649 %	0.327 %
99	GCA_900005825.1 CLUMA_1.0	flies	Clunio marinus	flies	568069	10.684 %	9.102 %	0.770 %
100	GCA_000149185.1 Mdes_1.0	Hessian fly	Mayetiola destructor	other	39758	10.512 %	8.836 %	0.608 %
101	GCA_001047195.1 ASM104719v1	flies	Sarcophagidae sp. BV-2014	flies	1577618	10.061 %	7.957 %	0.053 %
102	GCA_000786525.1 CT01	flies	Chironomus tentans	flies	7153	9.943 %	8.534 %	0.484 %
103	GCA_001014505.1 ASM101450v1	flies	Chironomus riparius	flies	315576	9.683 %	8.277 %	0.306 %
104	GCA_001014935.1 ASM101493v1	celery leafminer	Liriomyza trifolii	other	198433	9.358 %	6.972 %	0.017 %
105	GCA_001015145.1 ASM101514v1	flies	Eristalis dimidiata	flies	1352481	9.259 %	7.114 %	0.058 %
106	GCA_000439205.1 Anili1	mosquitos	Anopheles nili	Anopheles	185578	9.202 %	6.899 %	0.045 %
107	GCA_001014815.1 ASM101481v1	flies	Chaoborus trivitattus	flies	204567	8.821 %	6.974 %	0.076 %
108	GCA_001017535.1 ASM101753v1	flies	Tipula oleracea	flies	312236	8.632 %	6.960 %	0.231 %
109	GCA_001014875.1 ASM101487v1	flies	Condylostylus patibulatus	flies	1577614	8.158 %	6.303 %	0.024 %
110	GCA_000341915.2 ASM34191v2	flies	Megaselia scalaris	flies	36166	8.143 %	6.166 %	0.139 %
111	GCA_001014665.1 ASM101466v1	flies	Trupanea jonesi	flies	1582032	7.450 %	5.115 %	0.016 %
112	GCA_001014425.1 ASM101442v1	flies	Trichoceridae sp. BV-2014	flies	1577620	3.974 %	2.904 %	0.006 %